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L’établissement contribue à ouvrir de nouveaux marchés, en facilitant l'accès des produits agricoles et agroalimentaires français aux marchés internationaux, informe les décideurs publics et privés sur les produits français et leur qualité et développe les partenariats à l'international.

FranceAgriMer aide les professionnels des filières agricole et agroalimentaire à exporter leurs produits. Pour cela, l’établissement apporte une expertise technique en matière de réglementation et de suivi de l’information. Ainsi, l'établissement suit et informe sur l'évolution des réglementations techniques (notamment sanitaires et phytosanitaires) des pays vers lesquels la France exporte des produits agricoles et alimentaires ; il diffuse ces informations aux opérateurs concernés. Des priorités de travail sont établies quant aux actions à mener pour obtenir la levée de barrières non-tarifaires sur les marchés tiers ; l'établissement appuie le ministère chargé de l'agriculture pour conduire les négociations afférentes avec les pays concernés. FranceAgriMer accueille les délégations étrangères (une vingtaine chaque année) qui viennent inspecter les établissements français demandant un agrément pour exporter leur production vers les pays tiers ; il contribue à assurer l'information sur le modèle français en matière d’organisation des marchés, ainsi qu'en matière de qualité et de sécurité sanitaire.

En partenariat avec le ministère en charge de l'agriculture, FranceAgriMer gère l'outil Exp@don, système d’information en ligne sur les conditions sanitaires et phytosanitaires concernant l’exportation d’animaux, de produits animaux, de génétique végétale et de produits végétaux vers les pays tiers.